Prof. Dr. Ömer Faruk Bayrak | Yeditepe Üniversitesi Hastanesi

Prof. Dr. Ömer Faruk Bayrak

Tıbbi Genetik

Mesleki Ödüller : 1. Türk Nöroşirürji Derneği Kongresi 2007 En iyi 7. Sunum Ödülü ( M. Altaş, Ö.F. Bayrak, İ. Elmacı, M.E. Yalvac, F.Sahin. Detection of Angiotensin-Converting Enzyme I/D Gene Polymorphism in Patients Affected with Cerebral Cavernous Malformations)
2. Türk Nöroşirürji Derneği Kongresi 2008 En iyi 6. Sunum Ödülü ( Bayrak ÖF , Mut M, Türe U, Şahin F, Atlaş M, Karataş ÖF, Yalvaç ME, Ekici ID. 2008. Kordoma Hücrelerinin İzolasyonu, Karekterizasyonu ve Bazı Kemoterapik Ajanların Kordoma Hücreleri Üzerine Etkilerinin in vitro Gösterilmesi)
3. Tibbi Genetik derneği Kongresi 2009 Poster 1. Poster Ödülü (Eren H, Bayrak OF, Önal S, Multani A, Pathak S, Ittmann M, ve Özen M, CDC25 Genin Alternatif Splice Varyantlarının Genomik İnstabilitedeki Rolü)
4. Tıbbi Genetik Derneği Kongresi 2012 (Bayrak OF, Magli A, Perlingeiro RC. En iyi Sunum Ödülü Embyonik Kök Hücrelerin Mezoderm Gelişiminde miRNA Rolleri.
5. Türk Nöroşirürji Derneği Kongresi 2013 En iyi 5. Sunum Ödülü ( Bayrak OF, Güllüoğlu S, Aydemir E, Acar H, Atalay B, Demir Z, Sevli S, Chad J. Creighton CJ, Ittmann M, Şahin F, Özen M, Türe U. Kordomalarda miRNA’ların Ekspresyon Profillemesi ve Etkileri

Dergi : A.Uluslararası hakemli dergilerde yayımlanan makaleler :
A1. Atasoy, M., Pirim, I., Bayrak, Ö., Ozdemir, S., Ikbal, M., Erdem, T., Aktas, A, "Association of HLA class I and class II alleles with psoriasis vulgaris in Turkish population Influence of type I and II psoriasis", Saudi Medical Journal 373-376 (ISI) , 373-376 pp., 2006 , DOI: ISSN: 0379-5284
A2. Agar, G., Adiguzel, A., Baris, O., Sengul, M., Gulluce, M., Sahin, F., Bayrak, O.F., "FAME and RAPD analysis of selected Vicia taxa from eastern Anatolia, Turkey", Annales Botanici Fennici (ISI) , 241-249 pp., 206 , DOI: ISSN: 00033847
A3. Kahraman, M., Yazici, M.M., Sahin, F., Bayrak, O.F., Culha, M., "Reproducible surface-enhanced Raman scattering spectra of bacteria on aggregated silver nanoparticles", Applied Spectroscopy (ISI) , 479-485 pp., 2007 , DOI: 10.1366/000370207780807731
A4. Gercekcioglu R, Yilmaz N, Bayrak O.F, Sahin F,, "Variation in Fatty Acid Composition of Tulameen Red Raspberry Seed Oil By The Application of Nitrogen Fertilizers and Organic Manure", International Journal of Natural and Engineering Sciences , 59-64. pp., 2007
A5. Akgun, H., Berk, B., Demir Erol, D., Mercanoglu, G., Bayrak, O.F., Caglayan, B., Dedeagaç, A., Aksan Kurnaz, I., "Nitric oxide releasing derivatives of [(2-chloroethyl)ureido] benzoic acid esters as potential antineoplastic agents", Turkish Journal of Chemistry (ISI) , 107-121 pp., 2009 , DOI: 10.3906/kim-0807-25
A6. Karakus, S., Güniz Kucukguzel, S., Kucukguzel, I., De Clercq, E., Pannecouque, C., Andrei, G., Snoeck, R., Sahin, F., Bayrak, O.F., "Synthesis, antiviral and anticancer activity of some novel thioureas derivedfrom N-(4-nitro-2-phenoxyphenyl)-methanesulfonamide", European Journal of Medicinal Chemistry (ISI) , 3591-3595 pp., 2009 , DOI: 10.1016/j.ejmech.2009.02.030
A7. Bayrak, O.F., Aydemir, E., Sahin, F., "Retinoic acid induced chordomas as a model of differential therapy", Saudi Medical Journal (ISI) , 1236-1237. pp., 2009 , DOI: 03795284
A8. Yalvac, M.E., Ramazanoglu, M., Rizvanov, A.A., Sahin, F., Bayrak, O.F., Salli, U., Palotás, A., Kose, G.T., "Isolation and characterization of stem cells derived from human third molar tooth germs of young adults: implications in neo-vascularization, osteo-, adipo- and neurogenesis",Pharmacogenomics Journal, (ISI) , 105-113 pp., 2009 , DOI: 10.1038/tpj.2009.40.
A9. Aydin, O., Altaş, M., Kahraman, M., Bayrak, O.F., Çulha, M., "Differentiation of healthy brain tissue and tumors using Surface-enhanced Raman scattering", Applied Spectroscopy (ISI) , 1095-1100 pp., 2009 , DOI: 10.1366/000370209789553219
A10. Colak, K. M., Keles, A., Bayrak, O. F., Koseoglu, M., Sahin, F., "Study of cytotoxicity of six root canal sealing dental materials", Materials Research Innovations , 415-420 pp., 2009 , DOI: 10.1179/143289109X12494867167161
A11. Karapinar-Kazandaǧ, M., Tanalp, J., Bayrak, Ö.F., Sunay, H., Bayirli, G., "Microleakage of various root filling systems using the glucose filtration analysis", Oral Surgery, Oral Medicine, Oral Pathology, Oral Radiology, and Endodontology (ISI) , 96-102 pp., 2010 , DOI: 10.1016/j.tripleo.2010.01.009
A12. Altas, M., Bayrak O.F., Cerci, A., Isık , N., Celik, M., Culha, M., Sahin, F., Elmacı, I.,, "Angiotensin-Converting Enzyme I/D Gene Polymorphism in Patients with Familial Multiple Cerebral Cavernous Malformations", Journal of Clinical Neuroscience, (ISI) , 1034-1037. pp., 2010 , DOI: 10.1016/j.jocn.2009.12.002
A13. Yalvac, M.E., Ramazanoglu, M, Tekguc, M, Bayrak, O.F, Shafigullina, A.K., Salafutdinov I.I., Blatt N.L., Kiyasov, A.P., Sahin, F, Palotás, A, Rizvanov, A.A., "Human Tooth Germ Stem Cells Preserve Neuro-Protective Effects after Long-Term Cryo-Preservation", Current neurovascular research (ISI) , 49-58 pp., 2010 , DOI: 10.2174/156720210790820181
A14. Esra Tatar E, Küçükgüzel İ, Küçükgüzel SG, Demircan FY, De Clercq E, Andrei G, Snoeck R, Pannecouque C, Sahin F, Bayrak O.F,, "Synthesis, Anti-Tuberculosis and Antiviral Activity of Novel 2-isonicotinoylhydrazono-5-arylidene-4-thiazolidinones", International Journal of Drug Design and Discovery , 19-32 pp., 2010
A15. Turkekul I, Yilmaz N, Sahin F, Bayrak O.F,, "Fatty Acid Composition of Six Mushroom Samples of Black Sea Region of Turkey", Asian Journal of Chemistry (ISI) , 1479-1486 pp., 2010 , DOI: ISSN: 0970-7077
A16. Altas M, Bayrak O.F, Ayan E, Bolukbasi F, Silav G, Coskun K.K, Culha M, Sahin F, Sevli S, Elmaci I,, "The Effect of Polymorphisms in The Promoter Region of The MMp-1 Gene on The Occurence and Invasivness of Hypophyseal Adenoma", Acta Neurochirurgica, (ISI) , 1611-1617 pp., 2010 , DOI: 10.1007/s00701-010-0671-0
A17. Bayrak O.F, Aydemir E, Gulluoglu S, Sahin F, Sevli S, Yalvac M.E, Acar H, Ozen M,, "The Effects of Chemotherapeutic Agents on Differentiated Chordoma Cells", Journal of Neurosurgery Spine, (ISI) , 620-624 pp., 2011 , DOI: 10.3171/2011.7.SPINE10798
A18. Karapınar-Kazandag M, Bayrak O.F, Yalvac M.E, Ersev H. Tanalp J, Sahin F, Bayırlı G,, "Cytotoxicity of 5 endodontic Sealers on L929 Cell Line and Human Dental Pulp Cells.", International Endodondic Journal (ISI) , 626-634 pp., 2011 , DOI: 10.1111/j.1365-2591.2011.01863.x
A19. Aydemir E, Bayrak O.F, Sahin F, Atalay B, Kose G.T, Ozen M, Sevli S, Dalan A.B, Yalvac M.E, Dogruluk T, Ture U,, "Characterization of Cancer Stem-Like Cells in Chordoma.", Journal of Neurosurgery (ISI) , 810-820 pp., 2012 , DOI: 10.3171/2011.12.JNS11430
A20. Karaca, E, Karakoc-Aydiner, E, Bayrak, O.F, Keles, S, Sevli, S, Barlan, I.B, Yuksel, A, Chatila, T.A, Ozen, M., "Identification of a novel mutation in ZAP70 and prenatal diagnosis in a Turkish family with severe combined immunodeficiency disorder", Gene (ISI) , 189-193 pp., 2013 , DOI: 10.1016/j.gene.2012.10.062
A21. Yilmaz, N, Türkekul, I, Bulut, S, Sahin, F, Bayrak, O.F., "Fatty acid composition in ten mushroom species collected from middle black sea region of Turkey", Asian Journal of Chemistry (ISI) , 1216-1220 pp., 2013 , DOI: ISSN: 09707077
A22. Altaş M, Bayrak OF, Şerefhan A, Silav G, Coşkun KK, Çerçi A, Işık N, Elmacı E., "Investigation of ACE genome Insertion/Deletion correlation with Immunohistochemical Profile in pituitary adenomas", Turkish Journal of Neurosurgery (ISI) , Baskıda pp., 2013 , DOI: 10.5137/1019-5149.JTN.7423-12.0
A23. Bayrak, Omer Faruk; Gulluoglu, Sukru; Aydemir, Esra; Ture, Ugur; Acar, Hasan; Atalay, Basar; Demir, Zeynel; Sevli, Serhat; Creighton, Chad J.; Ittmann, Michael; Sahin, Fikrettin; Ozen, Mustafa MicroRNA expression profiling reveals the potential function of microRNA-31 in chordomas
B. Uluslararası bilimsel toplantılarda sunulan ve bildiri kitabında (Proceedings) basılan bildiriler :
B1. Kahraman, M., Yazici, M.M., Sahin, F., Bayrak, O.F., Topcu, E., Culha, M., 7th Workshop on Biosensors and BioAnalytical Mu-Techniques for Environmental and Clinical Analysis konferansı dahilinde "International Journal of Environmental Analytical Chemistry," bildiri kitapçığındaki "Towards single-microorganism detection using surface-enhanced Raman spectroscopy", 87 (10-11), pp. 763-770. pp., Kusadası Türkiye, Eylül 2006
B2. Yalvac, M.E., Ramazanoglu, M., Bayrak, O.F., Sahin, F., Kose, G.T., FEBS konferansı dahilinde "FEBS JOURNAL Volume 271" bildiri kitapçığındaki "Multipotent stem cells derived from human dental follicle show osteogenic and neurogenic differentiation", 91 pp., Atina Yunanistan, Temmuz 2008
B3. Ozdemir, N., Saygili, H., Sahin, F., Karsavuran, Y., Bayrak, O.F., Oral, B., 2nd International Symposium on Tomato Diseases konferansı dahilinde "II INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON TOMATO DISEASES Book Series: Acta Horticulturae" bildiri kitapçığındaki "Host range and genetic characterization of a phytoplasma causing tomato stolbur disease in Turkey", 808 255-261 pp., Kuşadası Türkiye, ocak 2009
B4. Culha, M., Karatas, O.F., Aydin, O., Kahraman, M., Keseroǧlu, K., Sayin, I., Bayrak, O.F., Conference on Plasmonics in Biology and Medicine VI konferansı dahilinde "Progress in Biomedical Optics and Imaging - Proceedings of SPIE, 7192, art. no. 719205." bildiri kitapçığındaki "Towards PCR-free mutation detection based on surface-enhanced Raman scattering", DOI: 10.1117/12.808267 pp., CA USA, 2009
B5. Uzumcu, A., Tekguc, M., Sevli, S., Bayrak, O.F., Ozen, M.,, International Union of Biochemistry and Molecular Biology konferansı dahilinde "IUBMB LIFE" bildiri kitapçığındaki "THE ROLE OF MICRORNA (miRNA)s AS A NOVEL TOOL IN CANCER DIAGNOSIS AND THERAPY", 298 pp., Şangay Çin, Mart 2009
B6. Duzenli, S., Bayrak, O.F., Yegin, I., International Union of Biochemistry and Molecular Biology konferansı dahilinde "IUBMB LIFE" bildiri kitapçığındaki "LOSS OF HETEROZYGOSITY (LOH) OF THE CDH1 GENE IN SPORADIC GASTRIC ADENOCARCINOMAS", 6-375 pp., Şangay ÇİN, Mart 2009
B7. Aydemir, E., Bayrak, O. F., Ozen, M., Sahin, F.,, 35th Congress of the Federation-of-European-Biochemical-Societies konferansı dahilinde "FEBS JOURNAL" bildiri kitapçığındaki "The effects of chemotherapeutic agents on differentiated chordoma cells", 161 pp., Göteborg İsveç, Temmuz 2010
B8. Yalvac, M.E., Bayrak, O.F., Kose, G.T., Sahin, F., 18th Annual BSHI Conference, konferansı dahilinde "INTERNATIONAL JOURNAL OF IMMUNOGENETICS Volume: 34 Issue: 4" bildiri kitapçığındaki "Neuron-like cells derived from human cervical cancer HeLa cells", 293 pp., Birmingham, UK, Eylül 2007
B9. Bayrak, O.F., Sahin, F., Pirim, I., Yalvac, M.E., Izbirak, C.D.,, 31st Congress of the Federation-of-European-Biochemical-Societies konferansı dahilinde "FEBS JOURNAL Volume: 273 Supplement: 1" bildiri kitapçığındaki "Relationship between a single nucleotide polymorphism in the matrix metalloproteinase-1 promoter and ovarian cancer", 88-89 pp., İstanbul, Türkiye, Haziran 2006
C. Yazılan uluslararası kitaplar veya kitaplarda bölümler :
D. Ulusal hakemli dergilerde yayımlanan makaleler :
D1. Gercekcioglu R, Yilmaz N, Bayrak O.F, Sahin F,, "Variation in Fatty Acid Composition of Tulameen Red Raspberry Seed Oil By The Application of Nitrogen Fertilizers and Organic Manure", International Journal of Natural and Engineering Sciences , 59-64 pp., 2007
D2. Çıkla, P., Küçükgüzel, Ş.G., Küçükgüzel, İ., Rollas, S., De Clercq, E., Pannecouque, C., Andrei, G., Snoeck,R., Şahin, F., Bayrak, O.F.,, "Synthesis and evaluation of antiviral, antitubercular and anticancer activities of some novel thioureas derived from 4-aminobenzohydrazide hydrazones", Marmara Pharmaceutical Journal , 13-20 pp., 2010
F. Diğer yayınlar :
F1. Journal of Neurosurgery
Volume 118, Issue 4, April 2013, Page 914 Bayrak, Ö.F., Gulluoglu, S., Aydemir, E., Türe, U, DOI: 10.3171/2012.3.JNS12478
F2. Journal of Neurosurgery: Bayrak, Ö.F., Gulluoglu, S., Aydemir, E.,SpineFebruary 15, 2013; DOI: 10.3171/2012.2.SPINE111060.

Etkinlikler : Projelerde Yaptığı Görevler :
1. TÜBİTAK Yürütücü 3503(Kariyer Projesi) 01.04.2013-01.04.2016 Kordoma Hücre Kültürleri Ve Ksenograft Modellerinden Kanser Kök Hücre İzolasyonu: Kök Hücrelerde Mirna Profilinin İncelenmesi (112S485) 2. TÜBİTAK Danışman 1001 01.08.2013- Meme Epitel Hücrelerinde Genotoksik Ve Epigenetik Değişiklikler Ile Anne Sütünde Dioksinler Ve Ksenoöstrojenlerin Biyoaktivitelerinin Raportör Gen Düzeyinde Araştırılması (113S155)
2. TÜBİTAK Uzman 1003 15.12.2012-15.12.2014 Bor Nitrür Nanotüplerin Yeni Yöntemlerle Sentezlenmesi, İşlevselleştirilmesi Ve Yeni Kullanım Alanlarının Geliştirilmesi (112M480)
3. TÜBİTAK Uzman 1001 15.10.2012-15.10.2014 DNA Origami Tabanli Nanotaşıyıcı Araçların Geliştirilmesi 112T280
4. TÜBİTAK Uzman 1001 01.07.2007-01.07.2009 Erzurum Yöresinde Antimutajen ve Antikarsinojen Özellikleri Tespit Edilen Mentha Longifolia L. Hudson ssp. Longifolia ve Origanum Vulgare ssp. Vulgare Türlerinden Etken Maddelerin İzolasyonu ve Tanılanması
5. TÜBİTAK Uzman 1001 01.01.2006-01.01.2008 Yüzey Arttırmalı Raman Saçılmasına Dayalı Mikroorganizma Tanısı İçin Yeni Nanoyapılı Yüzeylerin Geliştirilmesi
6. TÜBİTAK Uzman 1001 01.09.2005-01.09.2008 Türkiye'de Patates Kanserine Neden Olan Synchytrium Endobioticum (SCHLİB.) Perc'nin Patolojik ve Moleküler Tanısı: Hastalık İle Etkili Mücadele Stratejilerinin Belirlenmesi
7. Yeditepe Üniversitesi BAP Yürütücü 2009-2010 İnsan kordomalarında ekspresyon farklılıkları olan mikroRNAların ve ilgili transkriptlerin belirlenmesi, kordomanın moleküler tanı ve tedavisinde kullanma potansiyelinin incelenmesi
8. Yeditepe Üniversitesi BAP Uzman 2013-2015 Atipik Menenjiomlarda miRNA ekspresyon profilinin belirlenmesi ve İlgili miRNA’ların etkilerinin araştırılması