Prof. Dr. Aynur Eren Topkaya, Tıp Doktoru derecesini, 1988 yılında İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi’nden aldı. Tıpta Uzmanlık eğitimini Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı’nda 1998 yılında tamamladı. Asistanlık döneminin bir süresini Minnesota Universitesi, Minneapolis, ABD’de WHO Klinik Mikrobiyoloji Streptokok Referans Laboratuvarı’nda geçirdi. Uzman Doktor olarak Haydarpaşa Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi ve Maltepe Üniversitesi’nde çalıştı. 2008 yılında Doçent 2014 yılında ise Profesör ünvanları ile Maltepe ve Namık Kemal Üniversitelerinde çalıştı. 2018 yılından itibaren Yeditepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji anabilim Dalında görev yapmaktadır. Bu süre içinde bir dönem Anabilim Dalı Başkanlığı görevini yapmıştır.  Klinik Mikrobiyoloji Uzmanlık Derneği (Kurucu Yönetim Kurulu Üyesi), Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti, ANKEM Derneği,Türkiye Parazitoloji Derneği ve European Clinical Microbiology and Infectious Diseases gibi bilimsel kuruluşlara üyedir.